Le brevet européen invoqué, intitulé « méthodes, systèmes et logiciels pour identifier des biomolécules », couvre une méthode de calcul de séquences de protéines. L’invention concerne des procédés pour prédire de façon informatique l’activité d’une biomolécule, ceux-ci ayant une utilité dans l’optimisation de protéines pour une utilisation industrielle et thérapeutique.

Il n’est pas contesté que l’outil informatique incriminé est un programme informatique permettant de générer un modèle mathématique dont le but est de prédire l'activité de nouveaux variants de protéines.

L’expert informatique désigné par le tribunal ne s’étant pas prononcé sur le contenu du brevet, les demandeurs ont fourni un rapport établi par un expert amiable. Selon ce rapport, régulièrement soumis au débat contradictoire, l'outil incriminé serait, en termes de fonction et d'effet, identique au « produit vectoriel » du brevet.

Cependant, il doit être constaté que l'équation de l'étape 6 décrite dans le rapport d'expertise judiciaire et l'équation figurant dans la description du brevet ne sont pas identiques, comme l'affirme l’expert amiable, ni équivalentes mathématiquement. En effet, l’équation de l’étape 6 nomme les variables d’une manière légèrement plus complexe, car elle permet la présence de plus de deux options de résidus à chaque position. En revanche, l’exemple de l’équation 4 du brevet suppose qu’il n’y ait que deux options de résidus d’acides aminés à chaque position. La reproduction d’une des caractéristiques de la revendication principale n’est donc pas établie.

La contrefaçon par équivalence n’est pas davantage rapportée. En effet, il n'est pas démontré que la sélection des « termes quadratiques » mis en œuvre dans l'outil incriminé remplit la même fonction que la sélection des « termes de produit vectoriel » dans le procédé objet du brevet, à savoir l'identification des interactions entre résidus d'acides aminés qui ont un impact sur l'activité, en vue d'un même résultat à savoir prédire l'activité de nouveaux variants.